对于白暨豚的科学分类一直存在某些争议，主要是在白暨豚属于哪个科上意见不一致。例如《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》将它归为白暨豚科（Lipotidae），而ITIS则曾经将它归为亚河豚科（Iniidae）。 

1918年，美国史密森尼学会会长加勒特·米勒（Garrett S. Miller）在比较了白暨豚和亚河豚的骨骼后，认为二者是近亲，将白暨豚归入了亚河豚科。大多数生物学家也支持他的这个结论。

1979年中国生物学家周开亚等人在比较了白暨豚和其他淡水豚类的骨骼后，否定了米勒的结论，并建立了白暨豚科，并得到了其他一些学者的认可。但是巴恩斯（Barnes）对弗西豚科的化石与白暨豚进行对比后认为白暨豚应该属于弗西豚科的亚科Lipotinae。而赫宁（Heyning）在进行比较解剖学研究后，把 白暨豚作为了亚河豚科下的一个属。而DNA序列的测定结果则表明，亚河豚、弗西豚和白暨豚各 属于不同的科。至此，定论白暨豚科为独立科。